两个多月没来月经，头也经常疼，腰痛通常是由于作息不规律、过度减肥节食、激素水平波动、内分泌失调、子宫肌瘤等因素导致的。建议及时就医，在医生的指导下进行对症治疗。
1. 作息不规律：长期作息紊乱会影响身体的生物钟，导致内分泌失调。比如睡眠不足或日夜颠倒，使卵巢功能受影响，激素分泌失衡，从而出现月经推迟、头痛、腰痛。应规律作息，每天保证 7-8 小时睡眠，晚上 11 点前入睡，中午适当午休。
2. 过度减肥节食：身体得不到足够营养，会影响正常代谢和激素合成。脂肪量过低影响雌激素生成，导致月经异常。还会引起贫血、低血糖，出现头痛、腰痛。要均衡饮食，增加蛋白质、蔬果摄入，三餐定时定量，避免过度节食。
3. 激素水平波动：压力、情绪变化等都可能引发激素水平不稳定。雌激素、孕激素失衡，致使子宫内膜不能正常生长脱落，月经不来。同时，激素波动还可能影响神经系统和肌肉，造成头痛、腰痛。通过适当运动，如瑜伽、慢跑，来调节内分泌，缓解症状。
4. 内分泌失调：内分泌失调是指体内激素分泌失衡。可能因压力、生活不规律等导致。激素紊乱会影响月经周期，使其推迟。同时，内分泌失调还可能引起神经系统和肌肉紧张，导致头疼、腰痛。治疗可通过调整生活方式，如规律作息、适度运动。药物方面可遵医嘱使用屈螺酮炔雌醇片、醋酸甲羟孕酮片、戊酸雌二醇片。
5. 子宫肌瘤：子宫肌瘤是子宫平滑肌组织增生形成的良性肿瘤。肌瘤可能影响子宫的正常收缩和激素分泌，导致月经不来。较大的肌瘤还会压迫周围组织，引发腰疼和头疼。若肌瘤较小，定期复查即可。较大时可手术治疗。药物可用米非司酮片、醋酸亮丙瑞林微球、丙酸睾酮注射液。
除上述原因外，还可能是子宫发育异常，盆腔炎，脑垂体瘤等原因导致的两个多月没来月经，头也经常疼，腰痛。建议及时就医，进行妇科检查、B 超、激素六项等检测。注意规律作息，避免劳累和压力过大，注意保暖，尤其是腰部。饮食均衡，少吃生冷辛辣食物。