早晨起来的眼睛的酸痛，主要跟慢性结膜炎有关系。慢性结膜炎是由于结膜有慢性炎症所引起来的一种病，这种病治疗起来不太容易，要检查一下是不是有慢性结膜炎。如果有慢性结膜炎，应该针对慢性结膜炎用抗菌的眼药水或者抗炎的药水进行治疗。
早晨起来眼睛酸痛还考虑是不是有视疲劳，晚上休息不好也可能产生眼睛酸痛，如果发生这种情况，应该采取适当的休息解决。
以上健康科普知识仅供参考。
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