一般情况下，上厕所阴茎灼痛可能是由于饮水过少、局部卫生差、过敏、尿道炎、前列腺炎等原因引起的。常见的治疗方法有增加饮水、保持局部清洁、避免接触过敏原、使用抗生素、进行物理治疗。如果出现上厕所阴茎灼痛的情况，建议及时就医，明确原因后，在专业医生的指导下进行治疗。
1. 饮水过少:人体每天需要摄入一定量的水分来维持正常的生理功能，如果饮水过少，尿液中的有害物质浓度升高，排尿时就可能刺激尿道，引起阴茎灼痛。对应的治疗方法主要是增加饮水，每天至少饮用1500 – 2000毫升的水，也可以多吃一些水分含量高的水果，如西瓜等。
2. 局部卫生差:阴茎部位如果不经常清洗，容易滋生细菌，这些细菌可能会引起局部感染，导致灼痛。治疗上要保持局部清洁，每天用温水清洗阴茎，勤换内裤，内裤最好选择棉质、透气性好的。
3. 过敏:如果阴茎接触到某些过敏原，如某些材质的内裤、避孕套、清洁剂等，可能会引起过敏反应，出现灼痛。治疗首先要避免接触过敏原，然后可以使用抗过敏药物如氯雷他定、西替利嗪等，这些药物需要在医生的指导下使用。
4. 尿道炎:细菌、病毒等病原体感染尿道后可引发尿道炎，炎症刺激尿道黏膜，排尿时就会有阴茎灼痛的感觉。治疗可使用抗生素如阿奇霉素、左氧氟沙星等，必须遵医嘱用药，同时要注意休息，避免过度劳累。
5. 前列腺炎:前列腺发生炎症时，炎症因子可通过前列腺腺管蔓延至尿道，引起尿道不适和阴茎灼痛。治疗可进行物理治疗，如热敷、按摩等，也可以使用药物如前列舒通胶囊、癃闭舒胶囊等，使用药物时要按照医生的嘱咐进行。
除了上述原因还有可能由尿道结石、膀胱炎、性传播疾病等原因引起。在日常生活中，如果出现上厕所阴茎灼痛的情况，不要自行用药，以免延误病情或引起不良反应。要注意个人卫生，保持良好的生活习惯，避免过度劳累，饮食上避免食用辛辣刺激性食物。如果症状持续不缓解或者加重，一定要及时就医。