来大姨妈时小腹两侧及腰部酸背痛通常是由于激素水平变化、子宫内膜异位、盆腔充血、盆腔炎、附件炎等因素导致的。建议及时就医，在医生的指导下进行对症治疗。
1. 激素水平变化：月经期间，女性体内的雌激素和孕激素水平会发生波动。这可能导致子宫肌肉收缩，引起小腹和腰部的酸痛。同时，激素变化还可能影响神经系统，使痛感更明显。建议通过热敷腹部和腰部来缓解，也可适当进行轻柔的伸展运动，如瑜伽中的猫式伸展。
2. 子宫内膜异位：子宫内膜组织生长在子宫腔以外的部位。来月经时，这些异位的内膜也会出血和肿胀，刺激周围组织，导致小腹两侧及腰部疼痛。平时要注意保暖，尤其是腹部。疼痛时可采取俯卧位休息，能减轻对盆腔的压迫，缓解疼痛。
3. 盆腔充血：经期盆腔血管扩张、充血，使得盆腔内的组织受到牵拉和压迫，从而产生小腹两侧及腰部的酸痛感。避免长时间站立或久坐，定时更换体位。经期可多喝温热的红糖水，促进血液循环，减轻充血状况。
4. 盆腔炎：盆腔炎是女性盆腔生殖器官及其周围组织的炎症。来大姨妈时，盆腔会充血，炎症刺激使得组织水肿、粘连，从而引起小腹两侧及腰部酸背痛。症状还包括下腹疼痛、发热等。治疗可使用头孢曲松钠注射液抗感染，口服甲硝唑片，也可用康妇消炎栓直肠给药。遵医嘱用药。
5. 附件炎：附件炎指输卵管和卵巢的炎症。月经期间，盆腔血液循环改变，炎症部位受到牵拉和刺激，引发上述症状。常有下腹部坠胀、疼痛等表现。治疗可选用左氧氟沙星片消炎，服用妇炎康片，还可外用洁尔阴洗液清洗外阴。务必遵医嘱用药。
除上述原因外，还可能是过度劳累，子宫肌瘤，子宫内膜炎等原因导致的来大姨妈时小腹两侧及腰部酸背痛。建议注意保暖，避免着凉，适当休息，不要剧烈运动。经期不吃生冷辛辣食物。若症状严重或持续不缓解，应及时就医，进行妇科检查、B 超等，以明确病因并对症治疗。