手指甲上有很多种小坑的原因包括：
一、通常是由于甲营养不良引起的，大多的原因是甲母痣出现一定障碍，就会形成勺状甲的外观。
二、出现点状的凹陷，叫做顶针甲，这种情况跟微量元素、维生素缺乏也有关系。
三、考虑是真菌感染导致的指甲上有很多小坑，这种叫做甲真菌病。
四、考虑是银屑病的指甲，也会有凹坑的现象。
五、胃肠功能不好，经常拉稀、肠胃不适，也会发生指甲出现小坑的情况。
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