停经三个月，伴有腰疼与宫颈囊肿通常是由于过度劳累、营养不良、激素失调、多囊卵巢综合征、子宫内膜炎等因素导致的。建议及时就医，在医生的指导下进行对症治疗。
1. 过度劳累：长期过度劳累会使身体机能下降，影响内分泌系统平衡。比如可能导致卵巢功能紊乱，影响激素分泌，进而引起停经。同时，腰部肌肉持续紧张，引发腰疼。建议合理安排工作和休息时间，保证每天充足睡眠，每周至少进行两次瑜伽或慢跑等放松运动。
2. 营养不良：当身体缺乏必要的营养元素，如蛋白质、维生素和矿物质等，会影响生殖系统的正常运作，导致月经失调甚至停经。还可能使身体抵抗力下降，易出现疲劳和腰疼。建议多吃富含蛋白质的食物，如鱼肉、鸡肉，以及新鲜蔬菜水果，每天喝一杯牛奶。
3. 激素失调：体内激素失衡是停经的常见原因。比如雌激素、孕激素等分泌异常，会影响子宫内膜的周期性变化，导致停经。激素失调还可能引起身体代谢紊乱，引发腰疼等症状。建议通过调整生活习惯来改善，如减少熬夜，保持心情舒畅，避免压力过大。
4. 多囊卵巢综合征：多囊卵巢综合征是一种常见的内分泌代谢紊乱疾病。由于激素失衡，卵巢不能正常排卵，影响月经周期，导致停经。同时，体内代谢异常可能引发腰疼。治疗上，可调整生活方式，控制体重。药物方面，遵医嘱用药，如屈螺酮炔雌醇片、醋酸环丙孕酮片、二甲双胍片等。
5. 子宫内膜炎：子宫内膜炎是子宫内膜发生的炎症。炎症刺激子宫内膜，影响其正常脱落和修复，造成停经。炎症扩散还可引起腰疼。治疗时要注意休息，增强营养。可使用抗生素，如甲硝唑片、头孢呋辛酯片、盐酸左氧氟沙星片等，同时遵医嘱用药。
除上述原因外，还可能是年龄因素，垂体瘤，卵巢早衰等原因导致的停经三个月、腰疼与宫颈囊肿。建议尽快就医，做性激素六项、B 超等检查。日常注意休息，避免劳累和剧烈运动，保持心情舒畅，注意腰腹部保暖，饮食均衡，忌辛辣生冷。