EB病毒感染后，大部分人经过恰当治疗和自身免疫调节能恢复正常，一般不会留下后遗症。 当人体初次感染EB病毒时，可能会引发传染性单核细胞增多症，常见症状有发热、咽峡炎、淋巴结肿大、肝脾肿大等。通常在数周内，通过自身免疫系统发挥作用，再配合必要的对症治疗，比如针对发热进行退热处理，身体就能逐渐康复，各项身体机能也会恢复到感染前状态，不会有后续遗留的健康问题。 不过，也存在一些特殊情况。少数人感染EB病毒后，病毒可能会潜伏在体内，在某些因素影响下，比如免疫力明显下降时，病毒有可能再次活跃，进而引发一些病症。比如可能导致慢性活动性EB病毒感染，这种情况下，患者可能会长期存在发热、肝脾肿大、血细胞减少等表现，对身体健康持续产生不良影响，从某种意义上来说算是有了后遗症相关的情况。另外，EB病毒感染还和一些恶性疾病的发生存在一定关联，像伯基特淋巴瘤、鼻咽癌等，虽然不是感染后就必然会发展成这些严重疾病，但一旦发生，对身体的危害极大，也会给患者后续的生活质量等带来严重影响，这也可看作是比较严重的不良后续状况了。 总体而言，多数EB病毒感染者预后良好无后遗症，但少数特殊情况还是可能出现一些后续健康方面的麻烦。
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